Ήδη από την ημέρα της εκλογής του ο Εμανουέλ Μακρόν εξουσιοδοτεί τη διεξαγωγή ολοένα και πιο επιθετικών επιχειρήσεων για την εξουδετέρωση εχθρών της Γαλλίας.
Σύμφωνα με δημοσιεύματα του γαλλικού Τύπου, ένα από τα τελευταία τέτοια περιστατικά συζητήθηκε σε πολεμικό συμβούλιο που πραγματοποιήθηκε μέσω τηλεδιάσκεψη στις 11 Αυγούστου. Σε αυτό συμμετείχαν o Γάλλος Πρόεδρος από την θερινή προεδρική κατοικία στο Φορτ ντε Μπρεγκανσόν, ο Πρωθυπουργός Ζαν Καστέξ, οι σημαντικότεροι υπουργοί, ο αρχηγός των Ενόπλων Δυνάμεων και οι επικεφαλής των Υπηρεσιών Πληροφοριών.
Στην ημερήσια διάταξη βρισκόταν η δολοφονία, στις 9 Αυγούστου οκτώ ατόμων, δύο υπηκόων Νίγηρα και έξι Γάλλων, μελών της MKO Acted στην περιοχή Κουρέ, κοντά στην πρωτεύουσα του Νίγηρα, Νιαμέι. Έως τότε, η περιοχή αυτή έμοιαζε ακόμη ασφαλής. Όμως οι δολοφονίες αυτές κατέδειξαν ότι οι τζιχαντιστές μπορούν να πραγματοποιήσουν επιθέσεις παντού.
Ο Μακρόν τόνισε ότι «πρέπει να ταυτοποιηθούν και να εξουδετερωθούν οι δράστες πάση θυσία». Τέσσερις ημέρες αργότερα, Γάλλοι αερομεταφερόμενοι καταδρομείς κατέστρεψαν τα στρατόπεδα διοικητικής μερίμνης του ISIS στις περιοχές Γκούρμα και Λιπτάκο. Στις 17 Αυγούστου ένα μη επανδρωμένο σκάφος Reaper εντόπισε μέλη του ISIS και και τα εξουδετέρωσε με κατευθυνόμενη βόμβα. Ακολούθως δύο μαχητικά Mirage 2000D έσπευσαν από την βάση τους στην Νιαμέι και έπληξαν και άλλες θέσεις τρομοκρατών.
Δεν είναι η πρώτη φορά που ο Μακρόν δείχνει την αποφασιστικότητά του σε στρατιωτικό επίπεδο και την βούλησή του να καταφέρει πλήγματα κατά των εχθρών της χώρας του.
Στο μέτωπο του αγώνα κατά της τρομοκρατίας στο εξωτερικό, ο Μακρόν δεν διστάζει να χρησιμοποιήσει την βία, είτε στην Συρία όπου διέταξε επιδρομές των Ειδικών Δυνάμεων και στοχευμένες επιθέσεις κατά του ISIS, είτε στο Σάχελ όπου τους τελευταίους μήνες ενίσχυσε την δύναμη επιχειρήσεων της Γαλλίας.
Με διακριτικό τρόπο επέτρεψε στον επικεφαλής της «Γενικής Διεύθυσης Εξωτερικής Ασφάλειας» (DGSE) Μπερνάρ Εμιέ, να διεξάγει μυστικές επιχειρήσεις για την εξουδετέρωση ορισμένων τρομοκρατών, συμπεριλαμβανομένων τζιχαντιστών που έχουν γαλλική υπηκοότητα.
Αυτός ο μυστικός πόλεμος, ξεκίνησε υπό την προεδρία του Φρανσουά Ολάντ και συνεχίζεται, ακόμη πιο δυναμικά, από τον Μακρόν. Αμέσως μετά την ανάληψη των καθηκόντων του στο Μέγαρο των Ηλυσίων, ο Πρόεδρος έδειξε την πρόθεσή του να ηγηθεί του Στρατού, διασχίζοντας την λεωφόρο των Ηλυσίων Πεδίων μέσα σε ένα στρατιωτικό τζιπ, ενώ επιφύλαξε την πρώτη του επίσκεψη στους τραυματίες στο στρατιωτικό νοσοκομείου του Περσί και πραγματοποίησε το πρώτο του ταξίδι στο Μάλι για να επισκεφθεί τις εκεί γαλλικές δυνάμεις.
Το Πολεμικό Συμβούλιο πραγματοποιείται πλέον σε εβδομαδιαία βάση και συνεδριάζει πολλές φορές στα γραφεία του κέντρου διαχειρίσεως κρίσεων «Ζούπιτερ», στα υπόγεια του Μεγάρου των Ηλυσίων από όπου ο Πρόεδρος έχει την δυνατότητα να ενεργοποιήσει τα πυρηνικά και να παρακολουθεί σε απευθείας μετάδοση τις στρατιωτικές επιχειρήσεις οπουδήποτε στον κόσμο.
Πέρα από τις ενημερώσεις που λαμβάνει από το ΥΠΕΞ, ο Μακρόν διαβάζει επίσης καθημερινά μια συνοπτική έκθεση πληροφοριών που συντάσσουν οι ομάδες του εθνικού συντονιστή των Υπηρεσιών Πληροφοριών και αντιμετωπίσεως της τρομοκρατίας, Λ. Νουνέ, που εδρεύει σε μικρή απόσταση από το Μέγαρο των Ηλυσίων. Οι επικεφαλής των έξι βασικών Υπηρεσιών Πληροφοριών συνεδριάζουν κάθε 15ήμερο, ενώ έχουν συχνά επαφές και με τον Γάλλο Πρόεδρο, ο οποίος αμέσως μετά την εκλογή του, τους προειδοποίησε: «Αν ακούσω να γίνεται λόγος για πόλεμο των Υπηρεσιών, θα σας διώξω!»