Βαριά πρόστιμα θα κληθούν να πληρώσουν επιχειρηματίες οι οποίοι δεν προσκομίζουν ή έχουν σβήσει αρχεία και μνήμες ταμειακών μηχανών, εφόσον πέσουν στα δίχτυα του ελεγκτικού μηχανισμού. Σε περίπτωση, μάλιστα, που δεν έχουν υποβάλει φορολογικές δηλώσεις, τότε το πρόστιμο ανά έτος μπορεί να φτάσει ακόμα και τα 50.000 ευρώ.
Όπως προβλέπει η εγκύκλιος της ΑΑΔΕ, αν διαπιστωθεί ότι η ελεγχόμενη οντότητα δεν τήρησε τα προβλεπόμενα από τις σχετικές διατάξεις λογιστικά αρχεία, επιβάλλεται πρόστιμο ίσο με το 15% επί των εσόδων της από επιχειρηματική δραστηριότητα για κάθε ελεγχόμενο έτος, όπως αυτά προκύπτουν από τον μέσο όρο των δηλωθέντων εσόδων με τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των τριών τελευταίων φορολογικών ετών, μη συμπεριλαμβανομένου εκείνου για το οποίο δεν έχει παρέλθει η προθεσμία υποβολής της οικείας δήλωσης φορολογίας εισοδήματος. Αυτό το πρόστιμο δεν μπορεί να είναι κατώτερο των 10.000 ευρώ ανά ελεγχόμενο έτος, εφόσον πρόκειται για υπόχρεο τήρησης απλογραφικών βιβλίων ή των 30.000 ευρώ ανά ελεγχόμενο έτος, εφόσον πρόκειται για υπόχρεο τήρησης διπλογραφικών βιβλίων, ούτε μπορεί να είναι ανώτερο του τριπλάσιου τού κατά περίπτωση κατώτερου προστίμου. Το ίδιο πρόστιμο επιβάλλεται και στις περιπτώσεις κατά τις οποίες, στο πλαίσιο διενέργειας επιτόπιου ελέγχου πρόληψης, διαπιστώνεται από τα αρμόδια ελεγκτικά όργανα ότι η ελεγχόμενη οντότητα δεν διαφύλαξε ή δεν προσκόμισε τους φορολογικούς ηλεκτρονικούς μηχανισμούς (ΦΗΜ) και τις φορολογικές μνήμες και αρχεία που δημιουργούν οι ΦΗΜ, τα οποία διαφυλάσσονται σε ηλεκτρονική μορφή. Σε περίπτωση δήλωσης απώλειας των ΦΗΜ, το πρόστιμο είναι 2.500 ευρώ. Σε περίπτωση μη υποβολής έστω και μίας από τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των τριών τελευταίων φορολογικών ετών παρά την ύπαρξη σχετικής υποχρέωσης, το πρόστιμο διαμορφώνεται από 30.000 ευρώ έως και 50.000 ευρώ.