Με την υπουργοποίηση του Θάνου Πλεύρη, το Κεντρικό Ισραηλιτικό Συμβούλιο εξέφρασε την ανησυχία του και μάλιστα εξέδωσε και ανακοίνωση αναφέροντας:
«Ο κ. Θάνος Πλεύρης το 2009 ενώπιον της Ελληνικής Δικαιοσύνης έκανε, μεταξύ άλλων, την εξής αναφορά: «…..Και θα σας πω σε θέματα που σας έχουν προβληματίσει: Σας προβλημάτισε η αναφορά για το Άουσβιτς. Που λέει ότι «να τηρείται σε καλή κατάσταση το στρατόπεδο του Άουσβιτς». Εγώ παίρνω την ακραία εκδοχή. Ότι ο κατηγορούμενος εκεί πέρα εννοεί: «Να διατηρείται σε καλή κατάσταση το στρατόπεδο του Άουσβιτς, γιατί θέλω κάποια στιγμή να επανέλθει εθνικοσοσιαλιστικό καθεστώς, να επανέλθει ο Χίτλερ, να πάρει τους Εβραίους και να τους βάλει στο Άουσβιτς». Ποια παρότρυνση είναι αυτή; Ποια διέγερση; Δεν μπορεί δηλαδή κάποιος να πιστεύει και να θέλει να πιστεύει ότι «θέλω να εξοντώσω κάποιον;».
Περιμένουμε από τον κ. Θάνο Πλεύρη την έκφραση συγνώμης προς τον Εβραϊκό λαό για την αναφορά του αυτή και σαφή καταδίκη της μισαλλοδοξίας, του αντισημιτισμού και των αρνητών του Ολοκαυτώματος, ευθυγραμμιζόμενος με τις διακηρυγμένες θέσεις του Έλληνα Πρωθυπουργού. Ελπίζουμε δε ότι ο νέος υπουργός θα αντιμετωπίσει όλους τους πολίτες της χώρας ισότιμα, ανεξαρτήτως χρώματος, φυλής ή θρησκεύματος».
Λίγη ώρα αργότερα ο νέος υπουργός Υγείας, Θάνος Πλεύρης, ζήτησε συγγνώμη στο Κεντρικό Ισραηλιτικό Συμβούλιο Ελλάδος, μέσω ανάρτησής του στο Facebook. Και ανέφερε πως είναι αντίθετος με τις θέσεις του πατέρα του, τονίζοντας πως με το έργο που θα επιδείξει ως υπουργός Υγείας θα ανατρέψει τις όποιες ανησυχίες υπάρχουν.
Όπως χαρακτηριστικά έγραψε: «Ο σεβασμός μου στα θύματα του Ολοκαυτώματος των Εβραίων είναι απόλυτος και είμαι αντίθετος σε κάθε μορφή αντισημιτισμού. Το έχω δείξει με πολλές δημόσιες τοποθετήσεις μου με τρόπου που δεν επιδέχεται αμφισβήτησης. Οι ενστάσεις του ΚΙΣ στο πρόσωπό μου λόγω της αγόρευσής μου ως δικηγόρου υπεράσπισης του πατέρα μου, με το οποίο διαφωνώ πλήρως είναι κατανοητές. Ουδέποτε, πάντως, θέλησα να προσβάλω τον εβραϊκό λαό και ζητώ συγνώμη εάν το έπραξα. Είμαι βέβαιος ότι με τη δράση μου ως υπουργός Υγείας θα άρω και την παραμικρή επιφύλαξη σε όσους αμφισβητούν τον σεβασμό μου στο Ολοκαύτωμα των Εβραίων και θα διαπιστώσουν όσι σε καμία περίπτωση δεν διέπομαι από αντισημιτικά αισθήματα».